恭喜下列獲獎學生、助理及博士後。
| 年度 | 獎項 | 獲獎人 | 所屬實驗室 |
| 2024 | 社團法人中國化學會2024化學年會 - 范道南新創藥物研究論文傑出獎 | 王鈞楷 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2023 | 112年度博士後研究人員學術研究獎 | 王詠霖博士 | 李宗璘實驗室 |
| 2023 | 112年度博士後研究人員學術研究獎 | 陳育辰博士 | 莊樹諄實驗室 |
| 2023 | 112年度博士後研究人員學術研究獎 | 陳以瑛博士 | 胡春美實驗室 |
| 2023 | 112年度博士後研究人員學術研究獎 | 宋佩珊博士 | 謝世良實驗室 |
| 2023 | 第33屆王民寧優秀論文獎 | 薇薇 | 馬徹實驗室 |
| 2023 | 第15屆國研盃i-one儀器科技創新獎 - 專上組首獎 | 張可耕博士、蔡易宏博士 | 王亦生實驗室 |
| 2023 | 第十九屆永信李天德醫藥科技獎-傑出論文獎 | 謝彝中醫師 | 楊懷壹實驗室 |
| 2023 | 2023 AAI Trainee 最佳海報獎 | 楊皓文 | 林國儀實驗室 |
| 2023 | 2023 AAI Trainee 最佳摘要獎 | 黃仟心 | 林國儀實驗室 |
| 2023 | 2023 福爾摩沙免疫春季學校與會議最佳海報獎 | 楊皓文 | 林國儀實驗室 |
| 2023 | 2023 亞太肝臟研究學會年會-最佳口頭報告獎 | 鄭文睿醫師 | 楊懷壹實驗室 |
| 2023 | 2023 亞太肝臟研究學會年會-最佳海報報告獎 | 黃志仁博士 | 楊懷壹實驗室 |
| 2022 | 國家同步輻射研究中心「第二十八屆用戶年會暨研討會」展示佳作 | 安蘋恬 Arpita Mohapatra | 馬徹實驗室 |
| 2022 | 國家同步輻射研究中心「第二十八屆用戶年會暨研討會」口頭報告佳作 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 國家同步輻射研究中心「第二十八屆用戶年會暨研討會」口頭報告台灣之光 | 薇薇 Hong Thuy Vy Nguyen | 馬徹實驗室 |
| 2022 | 台灣藥學會藥物化學研討會壁報論文碩士班傑出獎 | 李映真 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2022 | 台灣藥學會藥物化學研討會壁報論文碩士班傑出獎 | 王鈞楷 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2022 | 第十八屆永信李天德醫藥科技獎傑出論文獎 | 陳江昀 | 吳宗益實驗室 |
| 2022 | 臺灣大學110學年度研究生優良壁報獎 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 2022臺大Reaxys獎 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 110學年度研究生臺灣神隆獎 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 2022亞太肝臟研究學會肝癌主題國際會議最佳口頭報告獎 | 鄭文睿醫師 | 楊懷壹實驗室 |
| 2022 | 台灣盃默克年輕科學人獎-化學領域/口頭發表組/特優獎 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 國際會議13th HOPE Meeting - Best Team Presentation Award (Team I) | 宋佩珊博士 | 謝世良實驗室 |
| 2022 | 2022美國研究病理學會實習學者獎 | 李俐潔 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2021 | 第31屆王民寧-國內各大學院校醫藥相關研究所暨學術研究機構優秀論文獎 | 蔡宗佑博士 | 謝世良實驗室 |
| 2021 | 2021臺大－Reaxys獎 | 陳江昀 | 吳宗益/翁啟惠實驗室 |
| 2021 | 2021臺大－Reaxys獎 | 許哲維 | 方俊民實驗室 |
| 2021 | 第17屆國際病毒性肝炎及肝病大會書卷獎與年輕研究學者獎 | 林歆哲 | 楊懷壹實驗室 |
| 2021 | 科技部-109年度博士後研究人員學術著作獎 | 廖心瑜博士 | 翁啟惠實驗室 |
| 2020 | 第30屆王民寧獎-國內醫藥研究機構優秀論文獎 | 邱莉婷 | 洪上程實驗室 |
| 2020 | 永信李天德醫藥基金會第十六屆傑出論文獎 | 劉津秀醫師 | 林國儀實驗室 |
| 2020 | 財團法人肝病防治學術基金會109年度優秀論文獎 | 詹明賢博士 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2020 | 科技部108年度大專學生研究計畫研究創作獎 | 馮聖然 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第二十九屆王民寧獎-國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 宋佩珊博士 | 謝世良實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 黃世嘉博士 | 李文華實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 吳忠霖博士 | 林國儀實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 張尚麟博士 | 張典顯實驗室 |
| 2019 | 11th HOPE Meeting with Nobel Laureates | 張御展博士 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第七屆全球青年科學家高峰會 | 張御展博士 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第七屆全球青年科學家高峰會 | 施耀翔博士 | 陳韻如實驗室 |
| 2018 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 曾子豪博士 | 翁啟惠實驗室 |
| 2018 | 科技部106年度博士後研究人員學術著作獎 | 黃俊凱博士 | 李文華實驗室 |
| 2017 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 林津瑋博士 | 吳宗益實驗室 |
| 2017 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 陳容慈博士 | 翁啟惠實驗室 |
| 2017 | 台灣生化學會秋令營口頭論文競賽第一名 | 李振誠博士 | 阮麗蓉實驗室 |
| 2017 | 台灣生化學會秋令營壁報論文競賽獎 | 施耀翔博士 | 陳韻如實驗室 |
| 2017 | 中國化學年會優秀壁報獎-有機化學組 | 侯仲謙 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2017 | 中國化學年會-大專生化學新秀研究論文獎 | 陳巧文 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2017 | 中國化學會論文競賽-分析化學組優等獎 | 陳貞均博士 | 翁啟惠實驗室 |
| 2017 | 中國化學會論文競賽-新創藥物組-優等獎 | 林津瑋博士 | 吳宗益實驗室 |
| 2017 | 中國化學會優秀壁報論文獎-有機化學組 | 許嘉云 | 方俊民實驗室 |
| 2017 | 國防生科所第17屆研究生論文研討會-論文比賽佳作 | 張御展博士 | 蕭宏昇實驗室 |